Com o Tribunal da Inquisição chegando a Portugal, de novo houve perseguições, mortes e conversões forçadas, que deram origem aos cristãos-novos, bastante numerosos, e aos criptojudeus, que mantiveram a sua devoção de forma oculta. Quem vai a Toledo ou Córdoba sente as marcas da presença judaica na Espanha. No interior de Portugal – e ali a memória está mais presente, em sinagogas e museus que existem até hoje em cidades como Belmonte (Sinagoga Bet Eliahu, doada pela coletividade israelita de Marrocos, especialmente a família Azoulay), Tomar e Castelo de Vide, para só citar essas três. Na primeira das cidades, uma grande descoberta: a mãe de Pedro Álvares Cabral, que na verdade era Pedro Álvares Gouveia Cabral , era cristã-nova,ou seja marrana .
De notável, o sobrenome Gouvêa, , o que pode explicar a razão de ter ele selecionado para a viagem ao Brasil uma tripulação constituída basicamente de cristãos-novos
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